医療費控除とセルフメディケーション税制｜迷わない使い分け

病院代と市販薬代の両方がかかった年は、「医療費控除とセルフメディケーション税制のどちらを使えばよいのか」で迷いやすくなります。先に結論を言うと、病院代が多ければ通常の医療費控除、市販薬代が多ければセルフメディケーション税制、と金額だけで決めるのは早計です。

二つの制度は同じ年に併用できません。しかも、対象になる費用と差し引く基準額が違います。家族分をまとめ、二つの控除額を別々に計算してから一方を選ぶのが確実です。

この記事は、申告画面の操作ではなく、どちらの制度を選ぶか判断することに絞ります。医療費の対象範囲、必要書類、e-Taxで申告する流れは医療費控除のやり方で詳しく説明しています。

まず違いを一枚で比べる

比べる項目	通常の医療費控除	セルフメディケーション税制
主な対象	診療・治療、治療に必要な医薬品、一定の通院費など	制度の対象になっている市販薬の購入費
控除額から差し引く基準	10万円と総所得金額等の5％のうち低い方	1万2,000円
控除額の上限	200万円	8万8,000円
追加の条件	対象となる医療費を支払っていること	申告する本人が一定の健康診査や予防接種などを受けていること
家族分	生計を一にする配偶者や親族の分を合算できる	生計を一にする配偶者や親族の対象医薬品代を合算できる
同じ年の併用	できない	できない

通常の医療費控除では、実際に支払った対象医療費から、入院給付金や高額療養費などの補てん額と基準額を引きます。基準額は一律10万円ではありません。総所得金額等が200万円未満なら、総所得金額等の5％です。控除額の上限は200万円です。

セルフメディケーション税制では、対象医薬品の購入費から保険金などで補てんされる金額を引き、さらに1万2,000円を超えた部分が控除額になります。上限は8万8,000円です。国税庁は両制度の計算条件を「医療費を支払ったとき（医療費控除）」で案内しています。

ここでいう「控除額」は、そのまま振り込まれる金額ではありません。税金を計算する前の所得から差し引く金額です。実際に軽くなる税負担は、所得や税率、すでに納めた税額などによって変わります。比較するときは、購入額ではなく、まず二つの控除額を比べてください。

同じ人が同じ年分について比べるなら、原則として控除額が大きい方が有利です。ただし、控除額が5万円だから5万円が戻るわけではありません。課税される所得がない人や、すでに納めた所得税がない人は、所得税の還付が発生しないこともあります。最後は確定申告書等作成コーナーで、選択前と選択後の納税額・還付額まで確認すると、期待した返金額とのずれを防げます。

計算するときは、次の二本を同じ単位で並べます。計算結果が0円未満なら、控除額は0円です。

計算する制度	控除額の式
通常の医療費控除	（対象医療費－その医療費を補てんする金額）－「10万円または総所得金額等の5％の低い方」
セルフメディケーション税制	（対象医薬品の購入費－その購入費を補てんする金額）－1万2,000円

この表へ入れる「対象医療費」と「対象医薬品の購入費」は同じ数字とは限りません。セルフメディケーション税制の対象薬でも、治療や療養に必要な医薬品なら通常の医療費控除へ入れられる場合があります。一方、通常の医療費控除に入る診療費や通院費が、そのままセルフメディケーション税制へ入るわけではありません。

通常の医療費控除が向きやすいケース

病院や歯科医院での治療費、処方薬、治療目的の市販薬、一定の通院交通費などを合計すると基準額を大きく超える場合は、通常の医療費控除が向きやすくなります。入院、手術、継続的な通院、歯科治療などが重なった年は、対象になる費用の範囲が広い通常の制度から計算するとよいでしょう。

対象医療費が15万円、その中にセルフメディケーション税制の対象医薬品4万5,000円が含まれ、補てん額がなく、通常の基準額が10万円の人を考えます。

通常の医療費控除：15万円－10万円＝5万円
セルフメディケーション税制：4万5,000円－1万2,000円＝3万3,000円

この条件では、通常の医療費控除の控除額が大きくなります。対象の市販薬代も、治療や療養に必要な医薬品の購入費なら、通常の医療費控除へ含められる場合があります。市販薬を買ったからといって、必ずセルフメディケーション税制へ分けるわけではありません。

ただし、美容目的の費用、健康増進用のサプリメント、予防を目的とした費用などは、通常の医療費控除でも原則として対象外です。「支払った医療関連費を全部足す」のではなく、対象かどうかを確認してから集計します。

補てん金は「家族の医療費全体」から一括で引かない

入院給付金や高額療養費を差し引くときは、給付の対象になった医療費と対応させます。国税庁は、補てん金が対象の医療費を上回っても、その余りを別の医療費から差し引く必要はないと説明しています。

たとえば、本人の入院費が10万円、その入院に対する給付金が15万円、同じ年に家族の歯科治療費が14万円かかったとします。補てん額は入院費10万円まで差し引き、余った5万円を歯科治療費からは引きません。通常の医療費控除の計算へ残る対象医療費は14万円です。基準額が10万円なら、控除額は4万円になります。

誤って「24万円－給付金15万円－基準額10万円」と計算すると0円になり、使える4万円の控除を落とします。領収書を集める段階で、給付金の通知書に「誰の、どの治療に対する給付か」を書き添えると防げます。補てん金が申告時までに確定していないときは見込額で差し引き、後日確定額と違えば訂正手続を行います。詳しい扱いは国税庁「医療費を支払ったとき」で確認できます。

セルフメディケーション税制が向きやすいケース

通院や治療費を合計しても通常の医療費控除の基準額には届かない一方、対象となる市販薬を家族でよく購入した年は、セルフメディケーション税制が候補になります。通常の制度より差し引く基準が低いことがポイントです。

たとえば、通常の医療費控除に入る費用が合計9万円、そのうち対象医薬品が6万円、補てん額がなく、通常の基準額が10万円なら、次のように比べられます。

通常の医療費控除：9万円－10万円＝0円
セルフメディケーション税制：6万円－1万2,000円＝4万8,000円

この条件では、通常の医療費控除は発生せず、セルフメディケーション税制では4万8,000円の控除額が計算できます。

ただし、ドラッグストアで買った商品がすべて対象になるわけではありません。対象医薬品は購入時のレシートに印などが表示されます。一部の商品にはパッケージに識別マークがありますが、国税庁は、マークのない対象医薬品もあると案内しています。商品名の印象だけで判断せず、レシートと厚生労働省の一覧を照合しましょう。最新の対象品目は厚生労働省「セルフメディケーション税制について」で確認できます。

2026年分と2027年分以後を混ぜない

この記事の計算例は、2026年中に支払った費用を2026年分として申告する前提です。2026年分は、購入時のレシートに税制対象と記載された商品を集計してください。「市販薬なら全部対象」「OTC医薬品なら全部対象」ではありません。

令和8年度税制改正では、2027年分以後について、スイッチOTC医薬品に関する適用期限の撤廃や対象範囲の見直しなどが決まりました。しかし、これは2026年中の購入費へさかのぼって適用する変更ではありません。年をまたいで集計するときは、購入年ごとの対象品目を厚生労働省の一覧で確認します。改正内容と適用開始年は財務省「令和8年度税制改正の大綱」に明記されています。

所得が200万円未満なら結論が変わることがある

通常の医療費控除は「10万円を超えないと使えない」と覚えられがちですが、総所得金額等が200万円未満の人は、差し引く基準が総所得金額等の5％です。給与の額面収入そのものではなく、税法上の総所得金額等を使う点に注意してください。

たとえば、総所得金額等が160万円なら、通常の医療費控除で差し引く基準は8万円です。対象医療費が11万円、その中の対象医薬品が3万8,000円、補てん額がない場合は次の結果になります。

通常の医療費控除：11万円－8万円＝3万円
セルフメディケーション税制：3万8,000円－1万2,000円＝2万6,000円

「医療費は10万円を超えていないからセルフメディケーション税制」と決めると、この違いを見落とします。源泉徴収票や確定申告書等作成コーナーで所得を確認し、自分の基準額を出してから比べてください。

セルフメディケーション税制は健康診断などの条件も見る

セルフメディケーション税制を使うには、申告する本人が、その年に健康の保持増進や疾病予防のための「一定の取組」を行っている必要があります。国税庁が挙げている主な取組は次のとおりです。

健康保険組合などが実施する健康診査
市区町村が健康増進事業として行う健康診査
定期予防接種やインフルエンザワクチンの予防接種
勤務先の定期健康診断
特定健康診査や特定保健指導
市区町村が健康増進事業として行うがん検診

大切なのは、対象医薬品を使った家族全員ではなく、申告する本人が取組を行っていることです。一方、生計を一にする家族が購入した対象医薬品代は、要件を満たす申告者が支払ったものなら集計できます。健康診断や予防接種そのものの費用は、セルフメディケーション税制の控除対象にはなりません。

ここでいう「生計を一にする」は、単に同居しているかどうかだけで決まりません。進学や療養などで別居していても、生活費や療養費を継続して送っているなど、生活の基盤が共通なら該当する場合があります。反対に、同居していても家計が完全に独立していれば、安易に合算しない方が安全です。また、家族が自分で負担した費用ではなく、控除を受ける人が支払った費用を集計するのが原則です。判定の考え方は国税庁「生計を一にする」で確認できます。

取組の範囲と必要書類は、国税庁「セルフメディケーション税制とは」で確認できます。セルフメディケーション税制の明細書は申告書へ添付し、対象医薬品のレシートと取組を明らかにする書類は自宅で5年間保管します。通常の医療費控除も、原則として明細書を添付し、領収書を確定申告期限等から5年間保管します。医療費通知を添付する場合などは領収書保存が不要になる例外があるため、国税庁「医療費控除に関する手続について」も確認してください。

集計表を一つ作れば、二度数えずに比較できる

封筒を二つに分けるだけでは、同じ市販薬が「通常の医療費控除にも入る候補」であることを見落としがちです。表計算ソフトや紙に、領収書1枚ごとではなく、次の列を持つ一覧を作ると比較しやすくなります。

記録する列	書く内容	間違いを防ぐポイント
支払日・支払先	5月10日、○○薬局など	購入年が違うレシートを混ぜない
対象者	本人、配偶者、子など	「生計を一にする」親族か確認する
支払った人	控除を申告する本人など	誰が利用したかだけでなく、誰が負担したかを見る
支払額	領収書の対象額	日用品や対象外商品を除く
通常の医療費控除	対象なら「○」	治療・療養のための費用か確認する
セルフメディケーション税制	対象なら「○」	2026年分はレシートの対象表示を優先する
補てん金	給付名、見込額または確定額	対応する治療費の行と結び付ける

例として、薬局のレシートが合計6,000円でも、内訳が対象医薬品2,400円、対象外のサプリメント1,600円、洗剤2,000円なら、セルフメディケーション税制の集計額は2,400円です。レシート合計6,000円を転記してはいけません。通常の医療費控除では、その2,400円の医薬品が治療・療養に必要だったかを別に判定します。

一覧ができたら、「通常○」の金額と対応する補てん金を集計して通常制度の式へ入れます。次に「セルフメディケーション○」の金額と対応する補てん金を集計して特例の式へ入れます。同じ支出が両方の候補欄で「○」になっても、試算段階では問題ありません。申告時に採用するのは、比較して選んだ一方だけです。

迷わないための使い分けチェックリスト

年が明けてから一度に探すより、領収書とレシートを年の途中から二つの箱や封筒へ分けると集計しやすくなります。最終判断は、次の順番で進めてください。

最初から一方のレシートを捨てないことが重要です。通常の医療費控除を選ぶつもりでも、結果としてセルフメディケーション税制が有利になることがあります。反対に、対象市販薬を多く買った年でも、家族の通院費や歯科治療費まで拾うと通常の医療費控除が上回る場合があります。

申告した後に制度を入れ替えることはできない

二つの制度は選択適用です。国税庁は、セルフメディケーション税制を選んで確定申告書を提出した後、更正の請求や修正申告によって通常の医療費控除へ変更することはできないと案内しています。通常の医療費控除からセルフメディケーション税制へ変える場合も同様です。

このため、還付額が早く知りたくても、片方だけを集計して申告するのは避けましょう。国税庁「セルフメディケーション税制と通常の医療費控除との選択適用」を確認し、家族分と補てん額までそろえて比較してから送信します。

なお、ここで比べているのは医療費控除の選択です。ほかの所得や控除、確定申告をする別の理由がある場合は、申告全体を完成させた時点の計算結果で確認してください。

今日やるなら、レシートを二つに分ける

今日の作業は、病院・薬局・通院費の領収書と、市販薬のレシートを集めるところまでで十分です。市販薬のレシートでは、セルフメディケーション税制の対象を示す印を探し、対象購入額をメモします。次に、源泉徴収票などで総所得金額等を確認し、二つの計算式へ数字を入れます。

通常の医療費控除は対象範囲が広く、セルフメディケーション税制は差し引く基準が低い制度です。名前や購入額だけでは有利な方を決められません。家族分を集める、二つに分ける、両方を計算する、申告前に一方を選ぶ。この順番なら、使える控除を思い込みで逃しにくくなります。

参考にした公式情報

2026-07-23 時点の公式情報調べ。最新は公式サイトでご確認ください。

この記事で分かること